1、指代不同：科目按事物的性质划分的类别（多指关于学术或账目的）。课目是课程的项目。
2、语法不同：科目主谓式；作谓语、宾语、定语。课目联合式；作主语、宾语、定语。
3、出处不同：科目是丁玲 《母亲》：“学堂里科目是很多的，国文，修身，地理，历史，总有十几门。”课目是吴组缃 《山洪》三一：“猎户队集合，有两个课目，一个是关于新兵器的知识，一个是战斗教练。”
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